Fondato nel 1969 da un gruppo d'intellettuali comunisti dopo una polemica con il Partito comunista italiano, resta indipendente ancora oggi e continua per la sua strada, sempre a sinistra. Una vera istituzione del giornalismo italiano, Il Manifesto ha rischiato di scomparire a causa di una grave crisi finanziaria. È sopravvissuto solo grazie alla mobilitazione dei suoi lettori.
Primo quotidiano italiano a dotarsi di un sito internet nel 1995, offre ai lettori la possibilità di consultare parte dell'edizione del giorno e i più importanti articoli di quelle precedenti.